Como en las entregas anteriores de la serie, Mystery Case Files: MillionHeir nos mete en la piel de un detective de renombre quien, acompañado de una computadora parlante que nos asistirá durante todo el juego, deberá de resolver un caso de gran relevancia para la sociedad: la desaparición bajo extrañas circunstancias del millonario Phil T. Rich, personaje extravagante donde los haya, el cual conoceremos al inicio del juego. Una vez metidos dentro del caso, deberemos de conocer a cada uno de los doce sospechosos del crimen, conocidos todos por el señor Rich, de los cuales iremos descubriendo diferentes motivaciones o razones que podrían haberles impulsados a cometer el secuestro e, incluso, el posible asesinato.