En el juego nos encontraremos encarnando al Príncipe que ha escapado a un reino que le ofrece refugio sin saber si será para bien o quizás una trampa; pues, su reino ha sido afectado por Corrupción, una sustancia que contamina la tierra y el aire de por donde pasa. En Prince of Persia: The Fallen King, nuestra misión será buscar la forma de acabar con Corrupción, misión para la que iremos por el reino viviendo aventuras, explorando ciudades desérticas, oscuros laberintos, junglas prohibidas, enfrentando desafíos, descifrando misterios y buscando la manera de vencer a nuestros enemigos que se han aliado a Corrupción. Aunque, debemos tomar en cuenta que una opción para salvar el reino Persa de la fuerza oscura será aliarnos con algunos enemigos del pasado.