Todo empieza cuando el rey Jibral y Zola se topan en uno de estos cubos una misteriosa sombra, un dragón maligno. Estas sombras son las verdaderas protagonistas del juego, ya que dotan a los personajes de sus habilidades especiales y su poder; las que conocíamos hasta la fecha eran de por sí buenas, por lo que este descubrimiento se antoja una amenaza. Shu y sus amigos volverán a unir fuerzas para acabar con ella.