Ninja Blade es un conjunto de juegos de aventuras y acción desarrollada en el Tokyo actual. Los parásitos conocidos como alpha-worms han aparecido misteriosamente y han lanzado una ola de destrucción humana mientras se expanden rápidamente hacia el este y alcanzan la costa de Tokyo. Con el futuro de la humanidad pendiente de un hilo, se ha formado un equipo exclusivo de élite con habilidades altamente especializadaspara eliminar el ataque enemigo y evitar, en última instancia, la devastación de la humanidad.