En Final Fantasy Crystal Chronicles: Echoes Of Time Wii nos encontraremos en medio del retorno triunfal de un joven héroe de 16 años, que tras salir vencedor de un bosque infestado de monstruos, ha concluido la ceremonia de su mayoría de edad. Sin embargo, su alegría acaba cuando descubre que una joven de su aldea padece una extraña enfermedad. Con el propósito de encontrar la cura, el protagonista se embarca en una trepidante aventura.